Nacido el 25 de abril de 1948 en el barrio de Palermo, el Club Atlético Fénix fue creado por un grupo de futboleros empedernidos, dentro de un bar ubicado en Dorrego y Cabrera. En realidad su primer nombre fue Club Atlético Social y Deportivo Fénix, con José Cimato como primer presidente y José Yaber, como dueño del carnet número 1. Ese bar se había incendiado en 1947 y reabrió sus puertas al año siguiente. Por eso el nombre, Fénix, porque resurgió de sus cenizas.
Sin afiliarse a ningún organismo, jugaban partidos de ligas porteñas y recién en 1955 el club obtuvo la cesión precaria de un terreno perteneciente al ferrocarril y ubicado en Colegiales, en la manzana comprendida entre las calles Matienzo, Conde, Concepción Arenal y Zapiola. Llegó la afiliación a la AFA y la habilitación para jugar el torneo de 1960 en Fútbol Aficionado, la hoy llamada Primera D.
Fénix debutó venciendo por 2-1 a Macabi, el 26 de marzo de 1960 y finalizó haciendo una campaña muy buena, ya que terminó en el quinto puesto entre 17 equipos. El torneo lo ganó el Sportivo Italiano, con Defensores de Almagro (club ya desaparecido), Estudiantes de Buenos Aires y Justo José Urquiza delante suyo. Atrás quedaron, por ejemplo, Comunicaciones, General Lamadrid y Muñoz, entre otros.
Para 1961 quedó a un punto de ser campeón, ya que alcanzó el segundo puesto en la rueda final, con 7 puntos, por detrás de Arsenal de Sarandí y Villa Dálmine. Incluso, le ganó 3-2 al cuadro de Campana que finalmente sería quien lograse el ascenso, en desempate con Arsenal. El cuadro blanquinegro (su camiseta histórica es similar a Estudiantes de Buenos Aires o Juventus de Turín) llegó quinto en la rueda final de 1963 y como hubo ascensos masivos porque se incrementó el número de equipos que llegaron a la Primera B y entonces la Primera C quedó semivacía, fue un cambio de categoría poco esperado.
Desde su pequeña cancha en Colegiales, Fénix hizo buenas campañas en la Primera C: cuarto en 1965 y clasificado en 1968 para el ascenso a la Primera B, donde arribó en el último lugar y no pudo lograr el objetivo. La pérdida de su campo de juego y el descenso de 1978 tienen íntima relación. Después vinieron 26 años en la categoría más chica, con dos desafiliaciones por ser el peor de la AFA incluidas. Seis años de nuevo en Primera C, otro descenso, retorno a la C y el ansiado premio mayor: llegar por primera vez a la B Metropolitana.
Juega como local en su nuevo estadio de Pilar, inaugurado en 2004 y desde este año, con iluminación artificial. La misma que cubrirá de luz a los jugadores de Platense, que por primera vez se toparán con Fénix en las muy diferentes historias de ambos clubes.
